El 23 de noviembre de 1979 obtuvo el título de Químico Bacteriólogo y Parasitólogo en la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, del Instituto Politécnico Nacional (ENCB-IPN), dónde defendió la tesis intitulada "Aislamiento y cuantificación de Azospirillum en algunas gramíneas de la Costa Grande de Guerrero", bajo la dirección de la Dra. María Valdés Ramírez. Posteriormente, el 25 de agosto de 1995 obtuvo su Doctorado en Investigación Biomédica Básica, en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), bajo la dirección de la Dra. Esperanza Martínez Romero, con la tesis "Diversidad y estructura genética de Acetobacter diazotrophicus". Debido a su destacada productividad científica, fue distinguido como miembro del Sistema Nacional de Investigadores Nivel III.

Cargos DesempeñadosEl Dr. Caballero-Mellado se desempeñó de 1976 a 1980 como Docente y Jefe de Laboratorio de Microbiología, de la Facultad de Ciencias Químico-Biológicas, de la Universidad Autónoma de Guerrero (Caballero-Mellado, 2010b). Posteriormente, se incorporó a la Universidad Autónoma de Puebla y en 1980 participó como miembro fundador del Departamento de Investigaciones Biomédicas (DIB), del Instituto de Ciencias de la Universidad Autónoma de Puebla, que en 1984 pasó a ser el Departamento de Investigaciones Microbiológicas (DIM), y a partir de 1991, Centro de Investigaciones en Ciencias Microbiológicas (CICM). En 1980, fundó el Laboratorio de Microbiología de Suelos del CICM de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP). De 1984-1986 fungió como coordinador del DIM. En 1986, junto con integrantes del CICM, fundó el Posgrado en Microbiología, con tres orientaciones: Microbiología Médica, Bioquímica y Genética Microbiana y Microbiología de Suelos. En 1995, se fundó el Laboratorio de Microbiología de Suelos (Ecología Microbiana y Aplicaciones Agrícolas), del Centro de Ciencias Genómicas (Antes Centro de Investigación en la Fijación Biológica de Nitrógeno) dónde el Dr. Caballero-Mellado se incorporó como parte de la planta de investigadores.

Fue en la revista Turrialba, en el año de 1983, en la que apareció su primera contribución científica la cual consistió en determinar la incidencia de bacterias del género Azospirillum en gramíneas del trópico subhúmedo cálido de México. Inició con ello una Colección Microbiana del género Azospirillum. Como resultado del muestreo realizado en la Costa Grande del Estado de Guerrero, México aisló A. brasilense y A. lipoferum en la raíz y la rizósfera de Zea mays, Panicum máximum, Hyparremia rufa y Cynodon dactylon (Caballero y Valdés, 1983). La Colección Microbiana se enriqueció con aislamientos del estado de Veracruz, México, donde evaluó también la respuesta a la inoculación de maíz con A. brasilense. Seleccionó bacterias con base en su potencial para la fijación de nitrógeno, producción de sustancias reguladoras del crecimiento vegetal y la estimulación del crecimiento del cultivo de maíz en invernadero y campo (Paredes-Cardona et al., 1988).

El municipio de Castillo de Teayo, Veracruz, México fue el sitio de sus primeros experimentos en campo. No conforme con demostrar los efectos benéficos de las bacterias en las plantas de maíz, decide realizar investigaciones para conocer la presencia de Azospirillum en otros cultivos. Así, dirige su atención a la búsqueda de bacterias benéficas en cactáceas (Mascarúa et al., 1988). Sin embargo, debido a que la presencia de Azospirillum en el suelo debía estar relacionada con otros organismos, se involucra en el estudio de características distintivas del género, como la actividad β-lactamasa, en bacterias resistentes a los antibióticos β-lactámicos (López-Reyes et al., 1989), la detección de la producción de bacteriocinas y sustancias con actividad de sideróforos en Azospirillum (Tapia-Hernández et al., 1990). Diversifica sus experimentos al inocular semillas de trigo con varias cepas de Azospirillum, las cuales causaron incrementos significativos sobre el rendimiento de grano desde 23 a 63% y de 29 a 43% en los años 1986 y 1987, respectivamente. Estos incrementos dependieron de las características distintivas en las fuentes de aislamiento, fijación de nitrógeno y producción de sustancias reguladoras del crecimiento vegetal de las bacterias utilizadas (Caballero-Mellado et al., 1992). Posteriormente, se interesa en conocer las características genéticas de las bacterias de colección e inicia los trabajos de detección de plásmidos en Azospirillum brasilense (Vázquez-Cruz et al., 1992).

Al final de los años 80s, realizó la evaluación de la inoculación de maíz con Azospirillum brasilense en experimentos de campo, en la región tropical del estado de Veracruz, México y con trigo en San José Teacalco, una región templada del estado de Tlaxcala, México, los resultados obtenidos indicaban el incremento en rendimiento y contenido de nitrógeno total de semilla de 13 a 32% y de 30 a 55%, respectivamente, en comparación con los tratamientos sin utilización de la bacteria. El trabajo de ocho años de inoculación extensiva en el cultivo de maíz, en varias comunidades de diferentes estados de la República Mexicana como Tlaxcala, Puebla, Morelos y Guerrero, demostró el incremento en rendimientos (5.8, 5.5, 4.0 y 4.0 toneladas por hectárea, respectivamente) con un ahorro del 50% de fertilizante químico nitrogenado (Mascarúa et al., 1994).

Sin dejar de incursionar en investigaciones respecto a las características genéticas de Azospirillum, detecta la presencia de cromosomas múltiples en A. brasilense, haciendo énfasis en los replicones de tamaño mayor a 1,500 kb (Caballero-Mellado et al., 1999). Colaboró en las modificaciones genéticas de A. brasilense para la biosíntesis de trehalosa. Al inocular dichos mutantes en maíz, se demostró que el 85% de las plantas inoculadas sobrevivieron al estrés hídrico e incrementaron 73% su biomasa (Rodríguez-Salazar et al, 2009). El impacto sobresaliente de sus investigaciones le permitió relacionarse con líderes mundiales en el estudio de Azospirillum, que compartieron el éxito de la inoculación en Bélgica, Uruguay, Israel y México. En el último caso, destacan los datos de incremento en la producción nacional de maíz en los estados de Campeche, Hidalgo, Oaxaca, Quintana Roo, Michoacán, Puebla y Tabasco (Dobbelaere et al., 2001). Una de sus últimas investigaciones con Azospirillum, fue la evaluación de la colonización efectiva del sistema radical y la verificación de la fitoestimulación exitosa empleando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real, para entender el efecto de las condiciones ambientales en la colonización y la estimulación de la raíz (Couillerot et al., 2010).

Acetobacter diazotrophicus ( Gluconacetobacter diazotrophicus )En los años 90s inicia su interés por estudiar a los microorganismos asociados con otros cultivos diferentes al maíz. Así, realiza la primera descripción de Acetobacter diazotrophicus en el cultivo de caña de azúcar (Saccharum officinarum). En este estudio, relacionó la frecuencia del aislamiento bacteriano con la dosis de fertilización química nitrogenada, poniendo de manifiesto la capacidad de la bacteria para sintetizar sustancias auxinicas (Fuentes-Ramírez et al., 1993). Por ser la caña de azúcar un cultivo de propagación vegetativa, se interesó en la diversidad de las bacterias acéticas de la especie A. diazotrophicus, encontró que en la caña de azúcar existe una limitada diversidad genética de dicha bacteria debido a la homogeneidad de su cromosoma (Caballero-Mellado y Martínez-Romero, 1994). También, reportó la relación genética entre el aislamiento de A. diazotrophicus, en plantas ricas en sacarosa, e insectos, y mostró evidencias de un nuevo grupo genéticamente distante (Caballero-Mellado et al., 1995). Posteriormente, reportó que la presencia de A. diazotrophicus en la rizósfera y tejido interno de plantas de café (Coffea arabica L.) estaba relacionada con el pH del suelo (Jiménez-Salgado et al., 1997). Incursionó en el uso de métodos moleculares basados en la secuenciación del gen 16S rRNA de A. diazotrophicus y Herbaspirillum seropedicae aisladas de la caña de azúcar y concluyó que H. seropedicae y Oxalobacter formigenes forman un linaje separado de la subclase-beta de las Proteobacterias (Sievers et al., 1998). Reportó que altas dosis de fertilización nitrogenada en campo afectan la presencia natural de la población endófita de A. diazotrophicus. En experimentos de colonización de plantas de caña de azúcar, con bacterias marcadas con β-glucuronidasa, bajo diferentes dosis de fertilización nitrogenada, observó una severa disminución de la colonización de la bacteria en plantas sometidas a altas dosis de fertilización. Igualmente, reportó la presencia de A. diazotrophicus en células corticales y dentro de los vasos del xilema (Fuentes-Ramírez et al., 1999). En el año 2000, publicó el primer reporte de la presencia de A. diazotrophicus en el interior de la piña y en el suelo de la rizósfera de esta planta. Enfatizó que A. diazotrophicus posee una baja diversidad genética en los aislamientos cuando se usaron altas dosis de fertilización química nitrogenada ( Tapia-Hernández et al., 2000). Participó en el estudio de las propiedades bioquímicas y genéticas de la enzima levansacarasa, en el que sugirió que la glucosa liberada del metabolismo de la sacarosa, es la principal fuente de energía usada para el crecimiento de Gluconacetobacter diazotrophicus (antes A. diazotrophicus) (Hernández et al., 2000). Además describe dos especies nuevas en plantas de café, que pertenecen a las Gluconacetobacterias, a las cuales denominó: G. johannae (En honor a la Dra. Johanna Döbereiner) y G. azotocaptans(Fuentes-Ramírez et al., 2001). Al estudiar la colonización de la caña de azúcar por G. diazotrophicus, bajo diferentes dosis de fertilización, reportó la persistencia de algunas bacterias en el cultivo de caña y sugirió el efecto benéfico en las plantas relacionado con la edad, fertilización química y variedad de la planta (Muñoz-Rojas y Caballero-Mellado 2003). La actividad antagónica de G. diazotrophicus la observó en dos de 13 electroferotipos probados contra otras especies de Gluconoacetobacter, debido a que las sustancias responsables del antagonismo estaban relacionadas con moléculas parecidas a las bacteriocinas, representando esto una ventaja para la colonización de la planta (Muñoz-Rojas et al., 2005). Colaboró en el estudio de bacterias fijadoras de nitrógeno productoras de ácido acético, que fueron aisladas del cultivo de arroz en Tamilnadu, India. Muchos de esos aislamientos fueron identificados como G. diazotrophicus con base en sus características fenotípicas y ensayos de PCR. Sin embargo, el resto de los aislamientos fueron identificados como Acetobacter peroxydans y se reportó por primera vez la capacidad de fijar nitrógeno de dicha bacteria (Muthukumarasamy et al., 2005). Otra colaboración con investigadores interesados en G. diazotrophicus, fue referente a la utilización de sacarosa por la bacteria, en dicho estudio se mostró que el gene lsdA expresa constitutivamente la levansacarosa (LsdA), que junto con el gene exolevanasa (lsdB) forman un operón, y la transcripción del lsdB es inducida durante el crecimiento con bajas concentraciones de fructosa y reprimida por glucosa (Menendez et al., 2009).

Burkholderia ssp.El Dr. Caballero-Mellado, reportó la presencia de especies de Burkholderia fijadoras de nitrógeno asociadas a los cultivos de maíz, teocintle y café en regiones distantes en México. Demostró que B. vietnamiensis está ampliamente distribuida y que B. kururiensis fija nitrógeno, característica que se desconocían (Estrada-de los Santos et al., 2001, Estrada-de los Santos et al., 2002). Los aislamientos del género Burkholderia de la rizósfera, rizoplano y tejidos internos del maíz, caña de azúcar y café, ricos en individuos fijadores de nitrógeno, generaron la creación de una nueva colección bacteriana de gran interés. Los estudios morfológicos, fisiológicos y bioquímicos, así como los perfiles electroforéticos de enzimas metabólicas, patrones de proteínas totales y análisis de secuencias del gene 16S rDNA, de bacterias aisladas de maíz cultivado en climas de semicálido subhúmedo a cálido húmedo, en suelos con pH de 4.5 a 7.1, indicaron que pertenecían a la especie Burkholderia unamae (Caballero-Mellado et al., 2004). Propuso, en colaboración con otros investigadores, otra nueva especie de Burkholderia, enfatizando las características que la hacían diferente a las especies fijadoras y no fijadoras de nitrógeno descritas anteriormente, a la cual denominaron B. tropica (Reis et al., 2004). El Dr. Caballero-Mellado participó en un estudio polifásico para clarificar la posición taxonómica de tres bacterias clasificadas como Burkholderia: la cepa LB400T, una de cultivo de sangre y otra de la rizósfera de café. Mediante experimentos de hibridación de DNA-DNA, propusieron la existencia de una nueva especie, a la que se le denominó Burkholderia xenovorans sp. nov., que se diferencia de otras especies de Burkholderia por su metabolismo en la L-arabinosa (Goris et al., 2004). Determinó el estatus taxonómico de los aislamientos previos y de 21 nuevas cepas fijadoras de nitrógeno procedentes de variedades de caña de azúcar de diferentes regiones geográficas de Brasil. Emplearon técnicas como la hibridación DNA-DNA, secuencia de gene 16S ribosomal, perfil de ácidos grasos, perfil de proteínas y enzimas multilocus, así como la caracterización morfológica, fisiológica y bioquímica. Confirmaron que los aislamientos pertenecían a una nueva especie dentro del género Burkholderia, a la cual nombraron Burkholderia silvatlantica sp. nov. (Perin et al., 2006). Al analizar la presencia de especies bacterianas fijadoras de nitrógeno en los cultivos de caña de azúcar y maíz de diferentes regiones de México y Brasil, de un total de 900 aislamientos, solo 111 presentaron actividad reductora de acetileno, lo cual fue confirmado con la presencia de los genes nifH. A través del análisis filogenético, empleando un nuevo par de iniciadores específicos para el gene 16S rRNA, de especies diazotróficas y no diazotróficas de Burkholderia, encontraron que los aislamientos correspondieron efectivamente al género Burkholderia. Indicaron que B. unamae, se encuentra predominantemente asociada a la caña de azúcar y B. tropica a maíz, en este trabajo se dejó de manifiesto la probabilidad de una nueva especie de Burkholderia asociada a la rizósfera y al interior de la caña de azúcar y maíz cultivados en Brasil (Perin et al., 2006). El Dr. Caballero-Mellado junto con Menard y colaboradores, demostraron que 83 y 100% de las cepas de B. vietnamiensis, aisladas de pacientes con fibrosis quística y del ambiente, respectivamente, expresaron el complejo de la enzima dinitrogenasa, esencial para la fijación de nitrógeno. Entre las cepas deficientes, dos crecieron con cloruro de amonio, lo que sugirió que éstas tenían un defecto en la fijación de nitrógeno y cuatro crecieron solo cuando se adicionaban aminoácidos al medio, por lo que fueron consideradas como mutantes auxotróficas (Menard et al., 2007). Detectó que nuevas especies de Burkholderia fijadoras de nitrógeno, asociadas a la rizósfera y el rizoplano de tomate, filogenéticamente distintas al complejo Burkholderia cepacia, pueden ser utilizadas para aplicaciones agrobiotecnológicas. Algunas especies de Burkholderia, como B. unamae, B. xenovorans, B. tropica y otras dos especies desconocidas, una de ellas estrechamente relacionada a B. kururiensis, estuvieron involucradas en procesos de biorremediación a través de la degradación de compuestos aromáticos, promoción del crecimiento de las plantas mediante la solubilización de fosfatos y control biológico in vitro por la producción de sideróforos (Caballero-Mellado et al., 2007). En ensayos de electroforesis en gel de campos pulsados e hibridización del gene 16S rRNA se demostró la presencia de nuevas especies de Burkholderia con estructura genómica multicromosomal y grande, que de acuerdo al análisis de secuencias del gene nifH resultó ser un grupo muy estrecho de especies distintas a otros diazótrofos (Martínez-Aguilar et al., 2008). El Dr. Caballero-Mellado, participó en la determinación del sistema N-acylhomoserina lactona (AHL) quórum-sensing (QS) y su importancia en la fijación de nitrógeno y otros aspectos fenotípicos en Burkholderia kururiensis. Concluyeron que todas las cepas poseen un sistema altamente conservado denominado BraI/R, relacionado con sistemas LasI/R y PpuI/R AHL QS de Pseudomonas aeruginosa y Pseudomonas putida, respectivamente (Suárez-Moreno et al., 2008). También, investigó la presencia de actividad ACC (1-aminociclopropano-1-carboxilato) desaminasa y del gene acdS en 45 cepas, de las cuales 20 correspondieron a especies de Burkholderia. Demostró la existencia de actividad ACC desaminasa a intervalos de 2-15 moles de ketobutirato h-1 mg-1, característica ampliamente distribuida en este género, lo que sugirió que estas especies podrían ser capaces de modular los niveles de etileno e incrementar el crecimiento de la planta (Onofre-Lemus et al., 2009). El Dr. Caballero-Mellado participó en la descripción de diferentes cepas de Burkholderia phymatum, que formaron nódulos en frijol y otras leguminosas, dichas bacterias son reductoras de acetileno cuando son cultivadas fuera de la planta (Talbi et al., 2010).

Otras BacteriasCon el uso de electroforesis de enzimas multilocus, detectó que la diversidad genética de Rhizobium disminuía debido a la aplicación de fertilización química nitrogenada (Caballero-Mellado and Martínez-Romero, 1999). Por otro lado, en el análisis de 39 aislamientos de Rhizobium en suelos de España, determinaron 11 diferentes electroferotipos dentro de tres grupos genéticos, con cinco alelos del gen 16S rRNA en poblaciones de Rhizobium etli, R. gallicum, R. giardinii, R. leguminosarum y Sinorhizobium fredii (Herrera-Cervera et al., 1999). Colaboró en el estudio de las poblaciones bacterianas fijadoras de nitrógeno asociadas al cultivo de plátano, encontrando la mayor población en la región rizosférica de la planta. Las enterobacterias identificadas fueron E. cloacae mediante caracterización fenotípica y genotípica, así como bacterias endófitas del género Klebsiella y Rhizobium (Martínez et al., 2003). Participó en el estudio de un grupo novedoso de actinomicetos no simbióticos fijadores de nitrógeno, aislados de la superficie estéril de la raíz de Casuarina equisetifolia en México. A través del uso de la técnica de restricción de rRNA confirmó que los actinomicetos eran distintos de Frankia y que las dos cepas examinadas a detalle se agrupan con las familias Thermomonosporaceae y Micromonosporaceae las cuales no habían sido descritas como diazotrofas (Valdés et al., 2005). Contribuye en el primer reporte de pink disease en piña cultivada en México (Marín-Cevada, 2006). Posteriormente, mediante características fenotípicas y genotípicas participa en la demostración de que Tatumella ptyseos es el agente causal de la enfermedad (Marin-Cevada et al., 2010). Colaboró en el estudio de diferentes cepas de Pseudomonas fluorescens que mostraron potencial para el control biológico de fitopatógenos de la raíz (Couillerot et al., 2009). Contribuyó en el estudio taxonómico de aislamientos de Pseudomonas provenientes de la Laguna de Cuatro Ciénegas, Coahuila, México y con base a sus características fisiológicas, bioquímicas y la aproximación taxonómica polifásica, se identificaron nueve cepas como Pseudomonas cuatrocienegasensis sp. nov. (Escalante et al., 2009).

Vinculación con la SociedadEn 1986, el Dr. Jesús Caballero promovió la construcción de una Planta Piloto Regional elaboradora de inoculantes bacterianos (Biofertilizantes) en el ejido de "La Guadalupe", Municipio de Castillo de Teayo, Veracruz, México beneficiando a campesinos de 20 ejidos de la región y del ejido de San José Teacalco, Tlaxcala. De esta forma, difundió la tecnología desarrollada por el Grupo de Microbiología de Suelos de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP). Posteriormente, firmó un convenio de dotación de biofertilizantes a San Agustín Tlaxco, Puebla, para la siembra de 100 ha de maíz en los ciclos agrícolas 1991-1992, según consta en el Informe del Cuerpo Académico de Microbiología de Suelos-BUAP en 1999 ante el Comité Interinstitucional de Evaluación de la Educación Superior (CIEES). Difundió los resultados de aplicación de Azospirillum en diferentes regiones agronómicas de México y demostró que la inoculación de maíz, trigo y sorgo incrementaron los rendimientos de 20 a 70% en promedio (Dobbelaere et al., 2001). Más tarde, en el año 2000, firma convenio de colaboración entre el Centro de Investigación sobre Fijación de Nitrógeno, actualmente Centro de Ciencias Genómicas (CCG), de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y el Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas, Forestales y Pecuarias (INIFAP) de la Secretaría de Agricultura, a través del Programa Alianza para el Campo, para dotar de biofertilizantes a 450 000 ha de maíz y 150 000 ha de sorgo. En la actualidad, el biofertilizante se encuentra disponible comercialmente para diversos cultivos, destacando el maíz, a través de un licenciamiento otorgado por la UNAM a una empresa privada ubicada en Cuautla, Morelos (http://www.cifn.unam.mx/EcologicalGenomics/CaballeroJ). El grupo de investigadores del Cuerpo Académico de Microbiología de Suelos de la BUAP actualmente da seguimiento al desarrollo y aplicación de inoculantes a través de convenios con productores, organizaciones campesinas y sector gubernamental para la dotación a diferentes sectores de la sociedad en la República Mexicana.

Formación de Recursos HumanosEs difícil mencionar a todos y cada uno de los estudiantes e investigadores que acudieron a sus asesorías y conocieron de sus experimentos de laboratorio, invernadero y campo. El Dr. Caballero-Mellado participó en la formación de recursos humanos de diversas Instituciones de Educación como: la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla; el Instituto Tecnológico de Zacatepec, Morelos; la Facultad de Ciencias y Centro de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México y la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas del Instituto Politécnico Nacional. En la actualidad, sus discípulos se encuentran laborando en distintos sectores: 9 en el Centro de Investigaciones en Ciencias Microbiológicas BUAP, 1 del Departamento de Investigaciones en Ciencias Agrícolas BUAP, 1 en nivel bachillerato BUAP y 2 en el Instituto Politécnico Nacional. Dirigió alrededor de 30 trabajos de tesis, asociados a igual número de proyectos financiados de investigación.

Reconocimientos y DistincionesEl Dr. Caballero Mellado fue reconocido en la República Mexicana y en diferentes países de los cinco continentes por su labor científica y académica. Fue objeto de varios reconocimientos entre los que destacan: La Cedula Real de la Ciudad de Puebla y el Escudo de Armas con la medalla de reconocimiento a la actividad Científica otorgada por el H. Ayuntamiento del Municipio de Puebla, Puebla, México, en Febrero de 1990. En 1995, recibe Mención Honorífica y en 1997 la medalla "Gabino Barreda", ambas por la UNAM, como reconocimiento a sus estudios doctorales por obtener el más alto promedio. Más tarde, el 8 de agosto de 2008, recibe la medalla "Emiliano Zapata" que otorga el Gobierno del Estado de Morelos, México, por sus publicaciones e investigaciones en el área agropecuaria (Caballero-Mellado, 2010a). Posteriormente, el 23 de Octubre de 2008, le es otorgado el Premio AgroBIO México en la categoría de Investigación en Biotecnología Agrícola (http://agrobiomexico.org.mx/uploaded/documento25.pdf). Entre las diferentes distinciones nacionales recibidas, conviene mencionar que fue integrante de la Comisión Dictaminadora del Área de Biotecnología y Ciencias Agropecuarias en el Fondo Sectorial de Investigación Científica Básica SEP-CONACYT. También, participó en la subcomisión Tecnológica del Sistema Nacional de Investigadores y fue integrante del Comité Científico del Premio AgroBIObio 2009. Fue delegado de México ante la Red de Fertilizantes Biológicos para la Agricultura y el Medio Ambiente (Red BIOFAG), del Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo (CYTED) y Delegado de México ante la BIOFAG de 2008 a 2010 (Romero-Camarena, 2010). Su membresía en el Sistema Nacional de Investigadores tuvo sus inicios en 1995, y en el nivel III, con vigencia hasta 2014 (Caballero-Mellado, 2010b).Posterior a su fallecimiento, ha recibido reconocimientos en el ámbito local, nacional e internacional. La Sociedad Mexicana de la Ciencia del Suelo instituyó en el año 2012 el "Premio al Mérito en Biología del Suelo Dr. Jesús Caballero Mellado". Dicho premio es otorgado anualmente a investigadores con trayectoria científica sobresaliente en el área de Microbiología de Suelos. Por sus contribuciones en el estudio de la Ciencia del Suelo, a la fecha se ha premiado a dos científicos destacados. La primera en recibirlo fue la Dra. María Valdés Ramírez y posteriormente el Dr. Yoav Bashan. En el año 2013, el Laboratorio de Investigación que él fundó en la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, fue nombrado "Laboratorio de Microbiología de Suelos Dr. Jesús Caballero Mellado". Recientemente, una nueva especie del género Burkholderia, fue nombrada B. caballeronis, en honor a su trayectoria científica y contribución significativa al conocimiento de las especies de Burkholderia asociadas a plantas (Martínez-Aguilar et al., 2013)