Originario de la Ciudad de Iguala en el estado de Guerrero, realizó su formación académica en la Universidad Autónoma del Estado de Morelos donde concluyó la licenciatura en Química Industrial (1996), la Maestría en Ciencias Químicas (1998) y el Doctorado en Química (2003). Posteriormente realizó una Estancia Posdoctoral en el departamento de Química Farmacéutica en la Universidad de Salamanca (España; 2003-2005).  

Desde su ingresó al Instituto Mexicano del Seguro Social en 1998, el Dr. Zamilpa ha dedicado su vida científica al desarrollo de nuevos medicamentos útiles para el tratamiento de los padecimientos más frecuentes que afectan a la sociedad mexicana mediante un sistema de investigación multidisciplinario.  

En estos 23 años de investigación en el IMSS, su trabajo se ha enfocado principalmente al estudio de las plantas medicinales mexicanas, formación de estudiantes de licenciatura y de alta especialidad (nueve estudiantes de maestría y seis estudiantes de doctorado), desarrollo farmacéutico de medicamentos a base de extractos vegetales, escalamiento de extracción a planta piloto y establecimiento de metodologías analíticas para el control de calidad. También ha participado en comités de evaluación de la investigación institucional (Comité Local de Investigación en Salud, Comité Nacional de Investigación en Salud y Comité Técnico del Fondo de Investigación en Salud) y de diferentes convocatorias del Consejo Nacional de Ciencia y tecnología (Ciencia Básica, Ciencia de Frontera y Estancias de Investigación).  

Desde su primer trabajo científico en 2001 hasta los últimos artículos publicados en la actualidad suman un total de 150 trabajos de investigación química, farmacológica, clínica y biotecnología de plantas medicinales. Todas estas obras fueron publicadas en revistas indexadas y con factor de impacto. También ha publicado 7 capítulos de libro de plantas útiles para el tratamiento de enfermedades cardiovasculares y especies antihipertensivas, anticancerígenas y ansiolíticas. En el ámbito del desarrollo tecnológico, sus investigaciones han logrado el otorgamiento de 10 patentes por el Instituto Mexicano de la Propiedad Industrial.  

Estos logros científicos, académicos y tecnológicos han permitido que el Dr. Alejandro Zamilpa Alvarez obtenga la máxima calificación curricular (Investigador Titular D) que otorga el IMSS y el Nivel 2 en el Sistema Nacional de Investigadores, así como el otorgamiento de los premios: CANIFARMA 2005 (Desarrollo Tecnológico), Premio a la Productividad Científica (IMSS, 2015) y la beca Fundación IMSS (2016-2019).